Término procedente del vocabulario religioso de los griegos, designando una doctrina particular y prácticas secretas. Solamente los iniciados participaban en los ritos y solemnes purificaciones u orgías de los misterios paganos (misterios órficos, eleusinos, de Cibeles, de Isis y Osiris, de Mitra, etc.).
En el NT, este término expresa una acción o dispensación de Dios guardada en secreto hasta la hora precisa y determinada (Ro. 16:25-26) o hasta que el Espíritu Santo haya preparado al hombre para la recepción de la comunicación (Mr. 4:11). Un «misterio» así revelado no debe ser guardado en secreto, sino al contrario, proclamado en público: el misterio escondido durante el transcurso de los siglos es ahora manifestado y puesto al conocimiento de todas las naciones (Ro. 16:25-26); este misterio, del que Pablo tuvo conocimiento, no había sido manifestado a las anteriores generaciones, como ha sido revelado ahora por el Espíritu a los santos apóstoles y profetas de Cristo (Ef. 3:3-5, 9; Col. 1:26, 27). Los fieles son en la actualidad los dispensadores, esto es, no sólo los administradores, sino también los divulgadores de los misterios de Dios (1 Co. 4:1). Sin embargo, el misterio contiene un elemento sobrenatural que sobrepasa al hombre a pesar de la revelación dada. Solamente conocemos en parte (1 Co. 13:12); precisaremos de la eternidad para sondear las cosas profundas de Dios. Pablo es el que, por su mismo llamamiento, hace mención más frecuente del vocablo «misterio» (22 veces en el gr.).
Los principales misterios bíblicos son:
(a) El misterio del reino de los cielos (Mt. 13:3-50; cfr. v. 11).
(b) El misterio de la salvación en Jesucristo (Ro. 16:25, 26) llamado también misterio de la piedad (1 Ti. 3:16), de la fe (1 Ti. 3:9), del Evangelio (Ef. 6:19, 20)
(c) El misterio de Dios, y de «Cristo en nosotros», la esperanza de gloria (Col. 1:26, 27; 2:2-3; cfr. 1 Co. 2:7; cfr. también Ap. 10:7)
(d) El misterio de la Iglesia, el cuerpo de Cristo, compuesta de creyentes procedentes del judaísmo y del paganismo (Ef. 3:6).
(e) El misterio del arrebatamiento de la Iglesia (1 Co. 15:51-52; 1 Ts. 4:14-17).
(f) El misterio del endurecimiento de una parte de Israel durante la era de la Iglesia (Ro. 11:25).
(g) El misterio de la iniquidad (2 Ts. 2:7), que será totalmente desvelado en la aparición del Anticristo.
(h) El misterio de Babilonia, la gran ramera (Ap. 17:5-7), es decir, de la falsa religión desenmascarada al fin de los tiempos.
En la Vulgata, el término griego «mysterion» ha sido traducido por el latino. «sacramentum», «sacramento» en castellano. De ahí es que la Iglesia de Roma se ha basado para establecer sus siete sacramentos, que no tienen ninguna verdadera relación con los «misterios» del NT. Además, el bautismo y la Cena no reciben en absoluto el nombre de sacramentos ni misterios por parte de Cristo ni de los apóstoles, no usándose este término en los textos correspondientes.